Ahmed Marzouki nació en Bouajoul, provincia de Taounate, en 1947. Tras graduarse en la Academia Militar Real de Mequinez, fue nombrado subteniente en 1969. En 1970, se incorporó al regimiento de infantería de la Escuela Militar Real de Ahermoumou, cerca de Fez, donde se convirtió en instructor militar. Allí, en 1971, junto con 1400 soldados, recibió la orden de trasladarse a Benslimane para unas maniobras, pero, en realidad, fueron conducidos a Skhirat para intentar un golpe de Estado contra el régimen de Hassan II. Condenado en 1972 a cinco años de cárcel, acabó cumpliendo veinte, dieciocho de los cuales en la prisión secreta de Tazmamart, hasta su liberación en 1991, siendo uno de los 28 supervivientes que lograron resistir las condiciones extremas de la prisión.